Изменение устава

Не думаю, что в уставе указано, что генеральный директор не имеет право подписать и подать заявление по форме Р13014 о внесении изменений в устав в части внесения изменений в Единый государственный реестр юридических лиц, так как подписание самого заявления и подача его в налоговую инспекцию не является сделкой и это не может быть ограничено в уставе. Поэтому генеральный директор не имеет право отказаться от подписания данных документов. Вы, как учредитель принимаете изменения в устав, подписывайте эти изменения, а генеральный директор подаёт эти документы в налоговую инспекцию или в МФЦ. 

Также согласно норм действующего законодательства, устава Вашей организации, генеральный директор обязан исполнять указания участников Вашей организации,  то есть Ваши указания и приказы, исполнять решения общего собрания участников

Тут значит должно быть Ваше волевое решение, так как Вы не можете согласно норм действующего законодательства подать данное заявление в налоговую инспекцию на регистрацию и выход только один, что только он обязан подать заявление. Он не может в силу его должностного положения диктовать Вам условия, так как он должен подчиняться Вам и его отказ противоречит не только нормам Закона, но и уставу Вашей организации и должностная инструкция тут не при чем, у него вообще может не быть должностной инструкции, так как он должен действовать согласно норм закона, устава организации и действовать во благо организации, а не в ущерб ей. 

Если генеральный директор отказывается исполнять решение участников (учредителей) с таким генеральным директором расторгается трудовой договор, другого пути, к сожалению, не имеется и Вы имеете право назначить другого генерального директора, который будет исполнять решения участников (учредителей) и будет действовать во благо организации. 

Да, заявление по форме Р13014 в части изменения генерального директора и назначения Вас на должность генерального директора Вы можете подписать и подать в налоговую инспекцию. К заявлению нужно приложить решение участников (а) о смене генерального директора и назначения нового генерального директора и после регистрации внести изменения в банке,  направив выписку из Единого государственного реестра юридических лиц с решением участников (а). 

Вам нужно будет его уволить, уведомить его Вам нужно с момента вынесения решения участников (а), если он совершит какие- либо сделки после вынесения решения участников во вред организации, Вы имеете право подать на него заявление о возбуждении уголовного дела по статье 159 Уголовного Кодекса РФ, взыскать убытки на основании положений статье 15,53,53.1, 393 Гражданского кодекса Российской Федерации, подать в суд иски о признании заключённых договоров недействительными на основании положений статье 166-179 Гражданского кодекса Российской Федерации

Уведомляйте в письменном виде либо под личную роспись директора или направляйте ему уведомление о расторжении трудового договора по почте заказным письмом с описью вложения

Вы его можете уволить по статье 278 Трудового Кодекса РФ или по пункту 10 статьи 81 Трудового кодекса РФ

Генерального директора легче всего уволить, труднее уволить других работников организации

Советую Вам всё - таки попытаться попробовать договорится, так как смена директора это время и издержки, которые, как я понимаю, Вам и Вашей организации не нужны, но если договориться не возможно, то тогда уже действуйте радикально уже

Ответ банальный, такой директор снимается с должности решением учредителей. 

Вообще, он должен подчиниться Вам как единственному участнику. Он действует от имени организации без доверенности и кроме него никто эти документы в налоговый орган не отдаст.

Если уж такая совсем не разрешимая ситуация, есть вариант со сменой директора. Это можно сделать одновременно с изменением Устава: заявителем в налоговый орган будет новый директор.

Я полагаю, следует ему направить Ваше решение о смене директора (заказным письмом или вручить нарочно), приложив письмо-уведомление с предложением передать дела, бухгалтерскую и иную документацию. Дожидаться выписки на нового директора я бы не стал, поскольку полномочия прекращаются при принятии решения учредителем. Но выписку нужно направить контрагентам организации, уведомив их о смене директора. 

Сделки, полагаю, можно будет при необходимости оспорить. Как раз для этого и потребуется письмо-уведомление для прежнего директора.