Вопрос по оплате труда

Я сам работал в бюджетном учреждении. У Вас самое главное - смета расходов по статьям. Получается, что по статье заработная плата либо был перерасход, скрываемый за счет того, что кто-то был на больничном, либо исходно в смете была предусмотрена повышенная сумма. Остается одно. В связи с новыми условиями труда подписать с вашим сотрудником дополнительное соглашение на изменение оплаты (Вы не можете платить ему больше, чем положено по смете), как указано в ст. 74 ТК РФ, если он отказывается - придется увольнять его по п. 7 ст. 77 ТК РФ

Тогда у Вас остается одно - предложить бухгалтерии самой разбираться. Они много лет проглатывали такие начисления, значит были согласны. Либо они соглашаются с тем повышением, которое должно быть, либо соглашаются с тем, что нарушили бюджетное законодательство, и при разборках к ним будут все претензии за плохой контроль за ранее работавшим и теперь уже уволенным сотрудником.