Могут ли подать на налоговый вычет каждый дольщик в купленной квартире и какой применяется расчет в таком случае?

Конечно имеете. Каждый дольщик пропорционально своей доли в квартире, но не более 260 000 руб. (2 000 000 * 13%)

п. 3 ст. 220 НК РФ. Вам полностью произвели взаимозачет? т.е. налог к уплате с продажи квартиры вы заплатили или нет?

Чтобы ответить на ваш вопрос нужно посмотреть сам отказ, но я в любом случае советую вам подать на отказ апелляционную жалобу в вышестоящий налоговый орган управление фнс по вашему региону, а по итогам рассмотрения жалобы, если она не будет удовлетворена, то принимать решение об обращении в суд с административным исковым заявлением о признании решения налогового органа об отказе недействительным 

Если расчет налога на доходы определялся, как сумма продажи квартиры минус сумма покупки, то тогда все правильно и соответствует нормам закона 

Я вам ещё раз советую все таки тем более при таких обстоятельствах подать жалобу на отказ налогового органа в вышестоящую налоговую инспекцию приложив все имеющееся у вас документы это может помочь решить вопрос с получением вычета, по крайней мере это шанс и этот шанс даёт вам закон и им нужно пользоваться 

Статья 220 налогового кодекса регламентирует получение и применение налогоплательщиком имущественного налогового вычета, поэтому на положение данной статьи при обжаловании вам нужно ссылаться