Стоит ли подавать заявление в прокуратуру за угрозу физической расправой и устные оскорбления, но без свидетелей?

Если у вас нет доказательств, в т.ч. и свидетелей, то проблематично привлечь к ответственности. Проверку конечно провести обязаны, но доказать будет трудно. Попробуйте сделать в следующий раз хотя бы аудио запись.

С Уважением!

Евгений, ну написать то можно, только толку мало. Я Вам советую спровоцировать начальника в очередной раз (без оскорблений и рукоприкладства), и все его оскорбления и действия записать незаметно на видео. Вот тогда и будет уже смысл писать в полицию и прокуратуру. Сейчас ... ну почти бесполезно. Не стоит тратить свое время, не имея на руках доказательства.
С уважением.

Здравствуйте, Евгений! В данной ситуации писать заявление , без аудио-видео записи
или свидетелей нет смысла, так как это закончится банальным опросом, и отказом в возбуждении уголовного дела, в связи с не подтверждением доводов.

Удачи Вам! 

Здравствуйте. В настоящее время - оскорбление, то есть унижение чести и достоинства другого лица, выраженное в неприличной форме, является административным правонарушением, наказание за которое предусмотрено ст. 5.61 КоАП РФ. Такие административные дела рассматриваются мировым судьей по направлению материалов дела именно прокурором, но материал все равно для прокуратуры собирает УУП (участковый). Вы, несомненно, имеете право обратиться непосредственно в прокуратуру с соответствующим заявлением, только процесс рассмотрения заявления затянется и может выйти срок для привлечения к административной ответственности. Так что обращайтесь в полицию.