Индивидуальной предпринимательской деятельностью никогда не занимался, но деньги уплаченные за транспортный налог и за недвижимость ушли на оплату какого-то патента, как вернуть?

Ещё как вариант попробуйте обратиться к оператору перечисления денег от вас на ошибочный счёт (т.е. если вы платили через банк, то оператор-это банк). Иногда есть возможность отменить операцию и фактического перечисления от Вас не будет. Затем стоит лишь заново правильно оформить платёж. 

Здравствуйте!

Возвращать вам налог налоговая не станет, зачет также не проведут.
Скорее всего вы указали не тот КБК. Ошибка в КБК не мешает определить принадлежность платежа, поэтому налог считается уплаченным. Чтобы исправить ошибку, подайте заявление об уточнении платежа (письмо Минфина от 19.01.2017 № 03-02-07/1/2145). Перечислять налог повторно не нужно.

Департамент налоговой и таможенной политики рассмотрел обращение и сообщает следующее.Подпунктом 1 пункта 3 статьи 45 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) установлено, что обязанность по уплате налога считается исполненной налогоплательщиком с момента предъявления в банк поручения на перечисление в бюджетную систему Российской Федерации на соответствующий счет Федерального казначейства денежных средств со счета налогоплательщика (со счета иного лица в случае уплаты им налога за налогоплательщика) в банке при наличии на нем достаточного денежного остатка на день платежа.Обязанность по уплате налога не признается исполненной в случаях, перечисленных в пункте 4 указанной статьи Кодекса, при этом неправильное указание кода бюджетной классификации в платежном поручении не является основанием для признания обязанности по уплате налога неисполненной. В соответствии с пунктом 7 статьи 45 Кодекса при обнаружении налогоплательщиком (иным лицом, предъявившим в банк поручение на перечисление в бюджетную систему Российской Федерации денежных средств в счет уплаты налога за налогоплательщика) ошибки в оформлении поручения на перечисление налога, не повлекшей неперечисления этого налога в бюджетную систему Российской Федерации на соответствующий счет Федерального казначейства, налогоплательщик вправе подать в налоговый орган по месту своего учета заявление о допущенной ошибке с приложением документов, подтверждающих уплату указанного налога и его перечисление в бюджетную систему Российской Федерации на соответствующий счет Федерального казначейства, с просьбой уточнить основание, тип и принадлежность платежа, налоговый период или статус плательщика.Код бюджетной классификации относится к группе реквизитов, позволяющих определить принадлежность платежа.Таким образом, при обнаружении ошибочно указанного кода бюджетной классификации в поручении на перечисление налога организация вправе обратиться в налоговый орган с заявлением об уточнении принадлежности платежа.

С Уважением!