Просрочил замену паспорта в связи с командировкой по военной службе по контракту, мне грозит выговор за административное правонарушение.

Вы можете в жалобе сослаться на положение статьи 2.1 Кодекса РФ об административных правонарушениях, которая устанавливает, что  Административным правонарушением признается противоправное, виновное действие (бездействие) физического или юридического лица, за которое настоящим Кодексом или законами субъектов Российской Федерации об административных правонарушениях установлена административная ответственность. Соответственно в Вашем бездействие отсутствует состав административного правонарушения. а именно вина, Вы не могли получить в установленный законом срок паспорт поскольку находились в командировке выполняя задачи по обеспечению безопасности нашей страны. Также к жалобе приложите документы подтверждающие Ваш нахождение в командировке