Могу ли я перевозить пассажиров из Украины в Крым, имея лицензию в Украине?

Оформите себе временную регистрацию, например, зарегистрируясь в хостеле или гостинице и оформите патент, если по другому работать не дают, но я все равно считаю, что патент вам не нужен, так как вы  постоянно не работаете в России 

Что бы открыть ИП иностранному гражданину нужно получить разрешение на временное проживание в России или вид на жительство, для трудового патента таких условий нет.

Патента достаточно должно быть, не обязательно регистрироваться в качестве ИП 

Да, совершенно верно. Вы людей довозите не до границы, а звозите на территорию РФ. Вам необходимо получить патент в РФ. 

А прописка тут неважна. Вы сможете получить патент и без нее. Главное - найдите кого-то на территории РФ, кто согласится за вас дать поручение

Почитайте внимательно статью. 

8) документы о постановке иностранного гражданина на учет по месту пребывания. В случае непредставления указанного документа территориальный орган федерального органа исполнительной власти в сфере внутренних дел проверяет на основании имеющихся в таком органе сведений данные о постановке иностранного гражданина на учет по месту пребывания.

Учет иностранных граждан по месту пребывания

1) Иностранный гражданин подлежит постановке на учет по месту пребывания: по адресу жилого помещения, не являющегося его местом жительства, в котором он фактически проживает; по адресу гостиницы или иной организации, оказывающей гостиничные услуги, санатория, дома отдыха, пансионата, детского оздоровительного лагеря, туристской базы, кемпинга или иного помещения, в которых он фактически проживает, либо по адресу медицинской организации, оказывающей медицинскую помощь в стационарных условиях, или организации социального обслуживания, предоставляющей социальные услуги в стационарной форме, в том числе лицам без определенного места жительства, в которой он находится в связи с получением услуг этой организации, либо по адресу учреждения, исполняющего уголовное или административное наказание, в котором он содержится.
2) Иностранный гражданин подлежит постановке на учет по месту пребывания по адресу организации, в которой он в установленном порядке осуществляет трудовую или иную не запрещенную законодательством Российской Федерации деятельность, в случае фактического проживания по адресу указанной организации либо в помещении указанной организации, не имеющем адресных данных (строении, сооружении), в том числе временном.  

https://мвд.рф/Deljatelnost/emvd/guvm/осуществление-миграционного-учета

т.е. регистрация в гостинице и хостеле, например, является регистрацией по месту пребывания. Уже можно подавать заявление на патент.

Получение патента не зависит от наличия статуса ИП. Патент подразумевает разрешение вам осуществлять заявленную деятельность (в патенте) на территории РФ.

Вы можете въезжать и выезжать за пределы РФ при наличии патента, главное чтобы ваш патент был оплачен и пересекали границу по тому же паспорту, на который оформлен патент.