Ответчик погасил основной долг, но не оплатил неустойку , Исковое заявление уже принято к производству

Стоит ли уведомлять суд о оплате основного долга ответчиком, Исковое заявление принято к исполнению 7 августа 2019 г. , а оплата прошла 15 августа 2019 г., Проценты остались не оплачены ( неустойка ) и гос. пошлина .
Или оставить все без движения, спасибо большое за ответ.

Полагаю, ответчик сам заявит об оплате. Однако, это не отменяет Вашего требования о выплате неустойки, если срок выплаты нарушен.

Вопрос в другом, мы обязаны или нет уведомить Арбитражный суд о закрытии
основного долга ? Нужно подавать новое исковое заявление с перерасчетом...., или все оставить как есть ?

Нет, обязанности у Вас такой нет. Если какие то требования у Вас ещё остались в отношении ответчика (неустойка, судебные расходы и т.п.), то Вы можете уточнить исковые требования, ст.49 АПК ПФ.