Как рассчитать правильно ЗП в условиях Крайнего Севера

как вообще считают ЗП?

Северная надбавка и РК положены штатному персоналу, совместителям, сезонным и временным сотрудникам, лицам, работающим вахтовым методом или дистанционно. Они применяются к:

окладу; 

выплатам за вредные условия труда, по выслуге лет, премиальным;

надбавкам: тарифным, за мастерство, классность, ученую степень и пр.

Т.е. на оклад начисляются все надбавки: 10% и 25%, потом северная надбавка 60% и районный коэффициент.

Где надбавки за крайний Север?

Этот вопрос нужно задавать работодателю.

Каким образом влияет премия на общую ЗП и МРОД и зачем....

Является ли премия частью заработной платы, зависит от того, включена ли она в перечень выплат стимулирующего характера, участвующих в формировании системы оплаты за труд. Для этого необходимо смотреть положение о премировании в организации. Включать премию в перечень выплат, составляющих систему оплаты труда, позволяют ст. 129 и 135 ТК РФ. Чтобы придать премии юридически значимую форму, работодатель должен обозначить ее в качестве одного из видов оплаты за труд, закрепив это в своем внутреннем документе (положении об оплате труда или коллективном договоре).

Как видите без изучения локальных актов организации трудно ответить на поставленные вами вопросы. Почему я и дал вам совет обратиться с жалобой в прокуратуру и труд. инспекцию, т.к. в их компетенции требовать предоставление подобных документов и дать им оценку на соответствие законодательству.