Что делать, если гр-н Казахстана нарушил срок пребывания в России по регистрации

Здравствуйте! Подскажите, пожалуйста. Гражданин Казахстана закончил университет, уехал домой в Казахстан. Затем приехал в Россию с целью поступить в магистратуру, сделал регистрацию, но в магистратуру не поступил. После окончания регистрации сразу не выехал в Казахстан, т.е. регистрацию просрочил. Позже гражданин все-таки беспроблемно выехал в Казахстан. Сейчас он въехал обратно в Россию (находится в стране 7 дней) и хочет встать на учет и сделать регистрацию. В органах ФМС сказали, что за нарушение в прошлом срока пребывания в принимающей стране (Россия), человеку сейчас светит только суд и депортация и ничего больше. Существуют ли какие-либо законные пути разрешения вопроса?