Оплата НДС участнику закупки, который находиться на УСН

Добрый день! Заключили контракт с Подрядчиком на ЭТП. Документов о том что он является "упрощениц" на ЭТП ни во второй части ни в аккредитационных документах отсутствует. Проект контракта составили с НДС. Подрядчик не посмотрел и подписал контракт. Желает внести изменения в контракт. Заказчик отказывается подписать данное доп.соглашение. Как теперь провести оплату. На его счетах Заказчик проставляет что оплата с НДС и отправляет весь платеж?