Является нарушением если начальник сделал изминения врапорте

Ну это вообще нарушение. Одновременно закрывают вам отпуск и период болезни. 

Можно посоветовать только одно - обращайтесь в военную прокуратуру вашего гарнизона.

Если не предпримите никаких действий - будет считаться действительным. Что предпринимать, я уже вам ответил.

Причем тут отпуск? Вы отстраняетесь от несения службы не по основанию ухода в отпуск, а по болезни. Не нужно никаких рапортов ни на какой отпуск. У вас есть свой законный отпуск, который вы либо отгуляете потом, либо получите за него компенсацию. Если будет этот рапорт, то вам тупо закроют этот отпуск вот, будто вы его отгуляли. Вот и всё.

Пишется рапорт НА ГОСПИТАЛИЗАЦИЮ, а не на отпуск. Примерно вот так:

Командиру____________

Прошу Вас ходатайствовать перед вышестоящим

командованием об освобождении меня от служебных обязанностей на срок с 10 по 20
мая 2018 года в связи с необходимостью обследования в окружном военном
госпитале.  Выписку из медкнижки и направление на госпитализацию прилагаю.

выписка из медкнижки;

направление на госпитализацию.  

 дата           

                     
              подпись     
          
                     
       Карпенко С.Р.