Оформление патента

Гражданка Молдовы оформила патент в Красногорске ЕМЦ, у неё приняли документы, оплату, она прошла мед.комиссию и сдала экзамен. Единственное, попросили переделать регистрацию с печатью ФМС (она делала в МФЦ). В ФМС отказали в регистрации по причине нарушения въезда/выезда в Россию. Теперь ей надо выезжать, три месяца пробыть заграницей и обратно. Почему в ЕМЦ приняли документы и оформили договор, если по базе она нарушила закон?